一、當前中國醫院內部控制現狀及存在問題
1.部分醫院的領導和員工對內部控制認識不充分。有些醫院往往認為內部控制就是建立內部控制制度，但卻不注意各種制度的執行和監督，忽視了內部控制是一種需要各方面協調配合的機制。因此，醫院需要加強員工對內部控制的認識。
2.會計信息失真。近年來，醫院由于會計工作秩序混亂、核算不實而造成的信息失真現象較為嚴重。如常規性的印單（票）分管制度、重要空白憑證保管使用制度及會計人員分工中的“內部牽制”原則等得不到真正的落實；會計憑證的填制缺乏合理有效的原始憑證支持；人為捏造會計事實、篡改會計數據、設置賬外賬、亂擠亂攤成本、隱瞞或虛報收入和利潤、資料不清、債務不實等。
3.費用支出失控，潛在虧損增加。如某些醫院為了搞活經濟，允許部門經理開支一定比例的業務費用，但對這部分費用的適用范圍無明確規定，更無約束監督機制，導致部門經理大手大腳，揮霍浪費，使本來微利的醫院出現虧損，本來虧損的醫院雪上加霜；有的醫院由于財產物資內控管理薄弱，物資購銷制度松弛，存貨采購、驗收、保管、運輸、付款等職責未嚴格分離，存貨的發出未按規定手續辦理，也未及時與會計記錄相核對，對多年來的毀損、報廢、短缺、積壓、滯銷等不作處理，致使巨額潛虧隱藏在庫存中，再加上經濟往來中審查制度不健全等，造成國有資產大量流失。
4.許多醫院沒有充分發揮內審制度的作用。內審人員應是內部會計控制制度的制定和檢查執行的首要責任人，有些醫院根本不設內審部門，即使為了上等級醫院需要，設了這樣的科室也是形同虛設。有的內審人員只是兼職或是掛靠，對業務知識掌握不全面，使得內部會計控制制度的執行和檢查流于形式，稽核缺乏完整性和全面性，不能發揮其應有的功能。
二、醫院加強內部控制建設對策
1.建立部門學合理的組織結構。建立健全醫院內部會計管理組織結構，包括分管經濟的院領導，包含財務部門、質控辦、信息部門、器械部門、藥劑部門、采購中心及各業務職能部門室等組成。加強內部控制制度的執行，加強會計人員業務技能和職業素養方面的培訓，及時更新知識，提高操作能力。應安排會計人員經常參加專業知識培訓，通過學習，與兄弟單位交流，使他們能夠分析內部控制制度作用弱化的原因以及找出薄弱環節，為醫院建立健全內部控制制度獻計獻策，使其發揮應有的作用。
2.加強醫院全面預算管理。全面預算管理組織機構是預算控制的基礎和保證。醫院應根據本單位的具體情況，成立相應的預算管理決策機構（預算委員會或預算領導小組），由單位的負責人擔任領導、主管領導及相關職能部門的負責人為成員，建立集體決策制度。預算是約束醫院各項經營活動的法則，一經確定，在內部即具有“法律效力”，必須嚴格執行。在預算的執行過程中，不僅要考慮環境變化、或有事項、業務流程的結構性變化對預算執行的影響，而且要按照嚴格的程序進行預算調整，對例外事項進行管理，杜絕違規操作，保證預算的準確性和預算控制的有效性。預算控制以成本控制為基礎，以現金流量控制為核心，通過實施重點業務控制和現金流量控制，確保資金運用權力的高度集中，形成資金合力，降低財務風險。全面預算管理的目的之一是建立有效的預算預警系統，通過該系統作用的發生，樹立風險意識，將非正常業務活動和風險控制在萌芽狀態，減少醫院不必要的損失。
3.加強貨幣資金控制。醫院必須嚴格執行《內部會計控制規范—貨幣資金》各項規定，按照不相容崗位分離原則，實行錢賬分管，即“管錢不管賬，管賬不管錢”。經管部門設專人負責核對各收費員實際收費金額與票據金額，確保收費資金安全。財務部門應指定專人（除出納）定期核對銀行賬戶，編制銀行存款余額調節表，使銀行存款賬面余額與銀行對賬單余額相符。應定期或不定期地進行現金盤點（包括所有經管現金收付業務人員）。發現不符的應查明原因，做出處理。
4.建立相對獨立的內部審計機構，充分發揮其監督作用。強化內控，加強內部審計制度的建設，充分發揮審計監督作用，應當制定出一整套的內部監督制度，將內部審計工作的重點在時間上從事后審計轉向事中、事前審計；將從查處違規違紀審計轉向內控制度審計和績效審計，理順資金運行管理機制。對本單位的財務收支及其經濟活動的合法性、合規性和有效性進行審核，提出意見和建議，發揮內部審計的監督作用，使內部控制和內部監督達到有章可循、有據可查的要求，充分發揮內部監督在日常工作全過程的控制作用。
5.建立健全內控制度有效評價體系。（1）健全性，評價單位的內控制度是否全面建立，是否符合基本原則，具體內容主要有：在各個需要控制的環節是否采取了控制措施，而且是否緊密銜接，并建立了必要的檢查監督機制。（2）適應性，評價內控制度是否符合單位的實際情況，是否得到遵循，不切實際的照搬照抄，一套模式，必然會影響內部控制制度的實施效果。（3）一致性，評價內部控制制度與本單位的總體目標是否一致，各個控制環節是否緊密協作，各項控制措施是否相互配套。（4）成本效益性，評價內部控制制度是否符合成本效益原則，如果控制措施所帶來的效益大于其實施成本，可認為該措施是可行的，但要注意的是，不能只考慮經濟性而不顧及健全性，兩者應兼顧。